Minimeals enthalten viele gute, präbiotische Ballaststoffe (z.B. Inulin), welche die Darmflora positiv beeinflussen sollen. Während der Umstellung kann dies bei einer reduzierten Darmflora zu Blähungen führen. Hier empfiehlt sich eine langsame Umstellung, bei der die Anzahl MM pro Tag langsam gesteigert wird. Ebenso können Aktivkohle Tabletten zur Unterstützung eingenommen werden.